La specificità della basilica
L’area dell’altare venne elevata con due gradini e divisa dalla navata con un arco trionfale, preservatosi solo parzialmente. Possiamo notare in situ anche la base dell’altare. Nello spazio antestante la basilica c’è un piccolo lapidario nel quale, tra i numerosi oggetti, sono esposte anche le transenne che facevano da sbarrare alle finestre.
La specificità della Basilica di Santa Maria è nell'aspetto di un santuario che termina con un'abside rettangolare, mentre la maggior parte della basilica di quel tempo ha uno spazio santuario semicircolare.
Nell’atrio aperto della basilica e intorno ad essa c’era un cimitero paleocristiano che, ricoprendo un tratto lungo trecento metri, arrivava all’angolo sudorientale del castro.
Accanto alla chiesa anche il convento benedettino
All’inizio del IX secolo, epoca in cui si ristrutturarono numerosi edifici sacri, venne restaurata pure la chiesa della Madonna. Dotata di un nuovo arredamento ben riconoscibile grazie ai peculiari ornamenti. Numerose popolazioni pagane possono aver causato l'attività missionaria dei benedettini da numerosi monasteri. Se non ancor prima, fu in questo periodo che accanto alla basilica sorse il convento benedettino che si protendeva sia a nord che a sud della chiesa.
La basilica all’epoca dei templari
Nel XIII secolo la basilica apparteneva ai templari. Con lo scioglimento del loro ordine nel 1312, anche la vita nel convento si spense.
Accanto a questa chiesa ne venne eretta un’altra, più piccola, ad un’unica navata, dedicata a San Pietro, il cui pavimento era impreziosito da un mosaico tricolore.