Postojeće granice NP Brijuni utvrđene su 1999. g., a 80% površine čini more. Brijuni kontinuirano bilježe veće brojke riba u odnosu na okolno nezaštićeno područje, trenutačno imaju otprilike četiri puta veću biomasu naspram okolnog područja. Sve su to rezultati kontinuiranog i ciljanog upravljana parkom i cjelodnevnog nadzora službe čuvara prirode.
U NP Brijuni postoje strogo zaštićena područja o kojima se djelatnici nacionalnog parka posebno brinu te je na njima zabranjeno kupanje. Zaštićena područja uspostavljena su kako bi neka područja i staništa ostavili potpuno prirodna, bez čovjekovog utjecaja. Područje sa zabranom kupanja na otoku Veliki Brijun su uvala Javorika, Ribnjak i rt Barban i uvala Verige. Na području uvale Javorika, Ribnjaka i rta Barban kupanje je u potpunosti zabranjeno dok je u uvali Verige kupanje zabranjeno za sve posjetitelje koji nemaju dopuštenje Javne Ustanove i nisu (ne kupaju se/rone) u pratnji ovlaštene osobe u moru. Iznimka je načinjena zbog prisutnosti edukativne podvodne staze koja se može obići uz vodstvo tako da se manje grupe uz ovlaštenog vodiča regulirano provedu kroz podvodni arheološki lokalitet i podvodne poučne table označene plutačama.
Uvala Verige
Na području uvale Verige nalazi se ladanjski kompleks iz rimskog doba u kojem se ističe vila. Kompleks se sastojao od niza građevina različitih namjena bogato ukrašenih mozaicima, freskama, štukaturama te skupocjenim mramorom. Povijesno je unutar kompleksa na Verigama bio i ribnjak jer su uvjeti za ribu jako povoljni. Na tom području i danas ima puno mlađi (mlade ribe) koja se tu hrani i odrasta da bi onda zaplivala u dublje more. Dio arheološkog lokaliteta nalazi se ispod morske površine jer je došlo do podizanja razine mora u odnosu na razdoblje kada je vila bila izgrađena. Od rimskog doba do danas prema jednom znanstvenom radu baš iz uvale Verige more se podiglo za čak 120 cm. Kako bi zaštitili ostatke tog ladanjskog kompleksa i ne uznemiravali ribu kupanje na području uvale Verige dozvoljeno je samo uz dopuštenje Javne Ustanove i pratnju ovlaštene osobe u moru.
Uvala Javorika
Uvala Javorika je plitka uvala u jugoistočnom dijelu otoka Veliki Brijun. Ona je jedna od zona najstrože zaštite NP Brijuni, što znači da nisu dozvoljene nikakve aktivnosti osim monitoringa i znanstvenih istraživanja. Uvala je važno mrjestilište riba te stanište najmanje 5 strogo zaštićenih vrsta: morske cvjetnice (lat. 𝘗𝘰𝘴𝘪𝘥𝘰𝘯𝘪𝘢 𝘰𝘤𝘦𝘢𝘯𝘪𝘤𝘢 i 𝘊𝘺𝘮𝘰𝘥𝘰𝘤𝘦𝘢 𝘯𝘰𝘥𝘰𝘴𝘢), spužva (lat. 𝘚𝘢𝘳𝘤𝘰𝘵𝘳𝘢𝘨𝘶𝘴 𝘧𝘰𝘦𝘵𝘪𝘥𝘶𝘴), prstac (lat. 𝘓𝘪𝘵𝘩𝘰𝘱𝘩𝘢𝘨𝘢 𝘭𝘪𝘵𝘩𝘰𝘱𝘩𝘢𝘨𝘢), periska (lat. 𝘗𝘪𝘯𝘯𝘢 𝘯𝘰𝘣𝘪𝘭𝘪𝘴). Zbog svega navedenog kupanje je na području uvale Javorika strogo zabranjeno.
Ribnjak
Područje Ribnjaka (uvala Turanj, Val Torre) je jedno od područja najstrože zaštite na Velikom Brijunu, na tom području nalaze se ostaci zidova rimskih struktura koje je prvi puta uočio i zabilježio Anton Gnirs. Ovaj lokalitet još uvijek nije istražen, međutim pretpostavka je da se radi o rustičnoj vili vezanoj za ribnjak. Uvala Turanj u rimsko je doba bila plića za oko jedan metar, imala prirodni ribnjak kojega se moglo vrlo lako zatvoriti i koji je imao kontrolirani dotok svježe morske vode. Danas je važno stanište za ribu, zaklonjeno stanište za morske alge, ali i važno područje za ptice, npr. hranjenje vodomara. Na tom području i danas ima puno mlađi koja se tu hrani i odrasta da bi onda zaplivala u dublje more. Kako bi zaštitili povijest i ne uznemiravali ribu unutar tog područja kupanje je strogo zabranjeno.
Barban
Na temelju fosila, život na Brijunima možemo pratiti čak 130 milijuna godina u prošlost. U doba dinosaura brijunsko je otočje bilo dio kopna, stoga su dinosauri mogli nesmetano šetati te je to pogodovalo velikoj brojnosti pronađenih otisaka. Na Vangi, Galiji, Vrsaru i Velikom Brijunu otkriveno je više od 265 otisaka stopala, od kojih se razlikuju dva glavna tipa. Najčešći su troprsti otisci koji nalikuju otiscima stopala ptica (npr. kokoši), a prisutni su još i okrugli odnosno eliptični otisci koji nalikuju otiscima stopala slonova. Troprste otiske najčešće su ostavljali dvonožni mesojedi, no postoje i troprsti biljojedni otisci ornitopoda. U NP Brijuni još imamo i okrugle otiske dinosaura koji pripadaju četveronožnim biljojedima. Na Velikom Brijunu otisci su zabilježeni na 4 rta: Barban, Ploče, Kamik i Trstike.
Na rtu Barbanu hodali su krupni dvonožni mesojedi koji su obitavali na Brijunima prije 126 milijuna godina. Tu se nalazi i rekonstrukcija dinosaura u realnoj veličini, napravljena na temelju znanstvenih saznanja o otiscima pronađenih na toj lokaciji. Otisci na toj lokaciji su najljepši otisci teropoda u hrvatskoj, nalaze se na obali mora te postoji opasnost od njihove degradacije i trošenja uslijed rada valova, podizanja razine mora te utjecaja čovjeka. Zbog navedenih razloga i mogućnosti toga da se ispod razine mora nalaze neotkriveni tragovi na ovom području kupanje je zabranjeno.
Literatura: Plan upravljanja NP Brijuni, Stručni priručnik NP Brijuni
Autor: Paula Markoč, Andrea Blašković